Nhận thức được sự hiện diện của anh ta chỉ khiến Scully và William gặp nguy hiểm, Mulder một lần nữa biến mất - nhưng ít nhất lần này đó là lựa chọn của chính anh ta. Đặc vụ Doggett thất vọng cố gắng tìm Mulder để anh ta có thể tiến hành cuộc điều tra chống lại Phó Giám đốc Kersh, nhưng Scully và Skinner cuối cùng đã thuyết phục được anh ta từ bỏ vụ án của mình. Tuy nhiên, ngay cả khi Scully giúp Đặc vụ Doggett và Đặc vụ Reyes trong một số trường hợp của họ, cô ấy nhận ra rằng William vẫn đang gặp nguy hiểm. Khi biết một giáo phái tôn giáo muốn con trai mình chết, cô đã tìm đến Lone Gunmen. Nhưng ngay cả họ cũng không thể ngăn William bị bắt cóc, một sự thật buộc Scully phải đưa ra một quyết định đau đớn. Tuy nhiên, ngay cả trong giờ phút đen tối nhất của mình, cô ấy nhận được tin rằng Mulder đã được tìm thấy - và đang bị giam giữ trong một quân đội vì tội giết một người đàn ông không thể chết.